W rozgrywkach biorą udział 53 drużyny w 4 grupach. Rozgrywki będą prowadzone w dwóch etapach.
Sezon zasadniczy
Drużyny grają systemem każdy z każdym w dwóch rundach (mecz i rewanż) w ramach grup A, B, C i D.
Drużyny, które zajmą miejsca 1-8 w każdej z grup, będą uczestniczyć w Etapie 2 - play-off. Drużyny, które zajmą miejsca 9-11 w grupie A, C i D oraz miejsca 9-12 w grupie B, kończą rywalizację w sezonie i zajmują miejsca 33-45. Drużyny, które zajmą miejsca 12-13 w grupie A, C i D oraz miejsca 13-14 w grupie B, będą uczestniczyć w Etapie 2 - play-out.
Play-off
I runda – do dwóch zwycięstw (1-1-1)
w parach 1-8, 2-7, 3-6, 4-5 w ramach każdej grupy
II runda - do dwóch zwycięstw (1-1-1)
para 1: A1/A8 - D4/D5
para 2: B1/B8 - A4/A5
para 3: C1/C8 - B4/B5
para 4: D1/D8 - C4/C5
para 5: A2/A7 - B3/B6
para 6: B2/B7 - C3/C6
para 7: C2/C7 - D3/D6
para 8: D2/D7 - A3/A6
Zwycięzcy uzyskują prawo gry w III rundzie (ćwierćfinał), pokonani zajmują miejsca 9-16
III runda – ćwierćfinał - do dwóch zwycięstw (1-1-1)
para 9: zwycięzca pary 1 - zwycięzca pary 6
para 10: zwycięzca pary 2 - zwycięzca pary 7
para 11: zwycięzca pary 3 - zwycięzca pary 8
para 12: zwycięzca pary 4 - zwycięzca pary 5
Zwycięzcy uzyskują prawo gry w III rundzie (półfinał), pokonani zajmują miejsca 5-8.
IV runda – półfinał - do dwóch zwycięstw (1-1-1)
zwycięzca pary 9 - zwycięzca pary 11
zwycięzca pary 10 - zwycięzca pary 12
Zwycięzcy uzyskują prawo gry w V rundzie (finał) i prawo gry w 1 Lidze Mężczyzn, pokonani uzyskują
prawo gry w V rundzie (o trzecie miejsce)
V runda – finał - mecz i rewanż
grają zwycięzcy półfinałów
V runda – o trzecie miejsce - do dwóch zwycięstw (1-1-1)
grają pokonani w półfinałach
Zwycięzca uzyskuje prawo gry w 1 Lidze Mężczyzn
Play-out
do dwóch zwycięstw (1-1-1)
w parach A12-A13, B13-B14, C12-C13, D12-D13
Pokonani zajmują miejsca 50-53 w kolejności ustalonej wg zasad podanych poniżej i tracą prawo gry w 2 Lidze Mężczyzn.
Podział na grupy
Grupa A
Gryf Goleniów
Politechnika Gdańska
Trefl II Sopot
Asseco II Gdynia
Decka Pelplin
SMS PZKosz Władysławowo
AZS UMK PBDI Toruń
Domino Inowrocław
TKM Włocławek
AZS Politechnika Poznań
Biofarm Basket Suchy Las
Tarnovia Basket Tarnowo Podgórne
Sklep Polski MKK Gniezno
Grupa B
KKS Tur Basket Bielsk Podlaski
Żubry Leo-Sped Białystok
Sokół Ostrów Mazowiecka
KS Shmoolky Warszawa
KK Warszawa
ZKS Stal Stalowa Wola
AZS UMCS Lublin
TBV Start II Lublin
ŁKS AZS UŁ SG Łódź
KS Księżak Łowicz
KKS Pro Basket Kutno
KU AZS UJK Kielce
AZS PŚk Galeria Echo Kielce
KS Rosa-Sport Radom
Grupa C
Zagłębie Sosnowiec
MCKiS Termo-Rex Jaworzno
Alba Chorzów
AZS AWF Mickiewicz Romus Katowice
AZS Politechnika Częstochowa
KK Polonia Bytom
KS Pogoń Ruda Śląska
KŚ AZS Gliwice
MKKS Rybnik
MKS II Dąbrowa Górnicza
TS Wisła Kraków
R8 Basket AZS Politechnika Kraków
AZS PWSW MCS Daniel Przemyśl
Grupa D
MKS Sokół Marbo Międzychód
RKKS Rawia Rawag Rawicz
KS Stal Ostrów Wielkopolski
KKS Energa Drogbruk Kalisz
BC Obra Kościan
WKK Wrocław
KS Sudety Jelenia Góra
WKS Śląsk Wrocław
Górnik Trans.eu Wałbrzych
Polkąty Maximus Kąty Wrocławskie
Röben Gimbasket Wrocław
MKS Otmuchów
*AZS KU PO (Opole) – Weegree AZS Politechnika Opolska
* UWAGA! W przypadku uwzględnienia ewentualnego odwołania klubu Grono SSA (Zielona Góra) zostanie on umieszczony w grupie D, a drużyna AZS KU PO (Opole) zostanie przeniesiona do grupy C. Terminarz w grupach C i D zostanie wówczas nieznacznie zmieniony.
Pierwsza kolejka sezon 2016/2017 zostanie rozegrana 24 września. Sezon zasadniczy skończy się 5 marca.